Den grundlæggende betjeningsproces for en CNC-fræser omfatter typisk tænding, tilbagevenden til referencepunktet, programinput, fastspænding af emnet, værktøjsindstilling, bearbejdning og slukning. Sikkerhedsprocedurer skal følges under drift, såsom korrekt påklædning og korrekt brug af nødstopknappen.
CNC-systemets betjeningspanel består normalt af en CRT-skærm, et MDI-panel og et værktøjsmaskinekontrolpanel. Programmering er en væsentlig færdighed for at betjene en CNC-fræser, der involverer både manuel og automatisk programmering.
På CNC-værktøjsmaskiner som f.eks. bearbejdningscentre er klatrefræsning blevet industriens-standard skæremetode på grund af dens længere værktøjslevetid og mindre skravering.
Valget af skæreparametre skal følge visse principper: skrubning sigter mod høje metalfjernelseshastigheder, mens efterbehandling tilstræber høj overfladekvalitet. Nøgleparametre såsom skærehastighed Vc og tabeltilspænding F kan beregnes ved hjælp af formler.